区医疗保障局设下列内设机构：
（一）办公室（政策法规科）。负责机关日常运转，承担信息、宣传、安全、保密、信访、档案、政务公开和对外合作交流等工作；负责机关财务管理工作，对所属事业单位专项资金使用情况进行监督检查，指导开展绩效评估；负责机关及所属事业单位的党群工作；承担机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、教育培训、老干部管理等工作。
组织开展医疗保障工作有关政策研究，拟订全区医疗保障发展政策和计划；组织起草医疗保障的重要政策文件，承担规范性文件的合法性审查，承担行政执法监督、行政复议、行政应诉等工作。
（二）待遇保障科（基金监管科）。贯彻执行上级医疗保障筹资和待遇政策，建立医疗保障待遇调整和确定机制，完善城乡医保筹资机制，统筹城乡医疗保障待遇标准；统筹推进多层次医疗保障体系建设，负责统筹城乡医疗救助、城乡居民大病保险和其他各项补充保险的管理工作；贯彻执行上级医疗保障关系转移接续政策；组织实施长期护理（照护）保险制度和标准；承办离休干部医药费统筹管理服务工作。
贯彻执行上级医疗保障基金监督管理办法，建立健全医疗保障基金安全防控机制，监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，组织开展打击欺诈骗取医疗保障基金行为；协同做好医疗保障基金预决算管理；加强医疗保障经办内控机制建设，规范医保经办业务；建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度；依法查处医疗保障领域违法违规行为；统筹推进统一规划、统一标准的医疗保障信息化建设，建立健全医疗保障经办服务平台、异地就医费用结算平台、医疗保障基金智能监控平台和医疗保障数据管理平台，加强医疗保障数据集中、分析、运用和发布，对医疗保障基金实行实时动态监管。
（三）医药管理科。贯彻执行上级基本医疗保险目录和大病保险目录及支付标准，落实目录准入规则；拟订定点医药机构医保协议和支付管理，贯彻执行异地就医管理和费用结算办法，组织实施医保支付方式改革；组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。贯彻执行上级药品、医用耗材价格和医疗服务项目等政策，组织制定医疗服务设施收费等政策，建立医保支付医药服务价格合理确定和动态调整机制，推动建立市场主导的社会医药服务价格形成机制，建立价格信息监测、成本调查和发布制度；监督实施药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理政策，推进招标采购平台建设。组织实施医疗保障精准扶贫工作，负责拟订全区医疗救助政策并组织实施。