办公室。负责机关日常运转，承担文电、会务、机要、档案、重要文稿起草、保密、政务公开等工作；具体承担意识形态管理、新闻和信息发布、网络舆情应对处置、精神文明建设、中心组理论学习等工作；拟订卫生健康工作年度责任目标，负责卫生健康系统综合目标管理考核；负责监督、指导、协调机关及所属事业单位安全保卫工作。
人事科。拟订全区卫生健康人才发展政策、规划并组织实施；指导全区卫生健康人才队伍建设，负责机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资等工作；负责卫生健康专业技术人员资格考试、职称评聘等工作；组织指导卫生健康工作领域的对外交流与合作以及卫生健康管理干部培训工作；协助做好援外工作。
财务科。拟订全区卫生健康经济政策；承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理、政府采购和内部审计工作；提出各类卫生健康专项资金安排建议并监督使用；负责区级卫生总费用核算工作；提出全区医疗服务价格政策建议。
规划发展与信息化科。组织拟订卫生健康事业发展中长期规划并组织实施；统筹规划与协调优化全区医疗卫生资源配置工作；负责全区卫生健康事业发展规划的编制与实施；负责卫生健康服务体系建设；组织与指导卫生健康信息化建设；组织开展卫生健康统计工作；协调指导所属事业单位基本建设。
综合监督与法规科（行政服务科、监管协调科）。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为；组织开展职业卫生、放射卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治和健康产业等监督检查；完善综合监督体系；推进全区卫生健康诚信体系建设；负责卫生健康地方性法规、规章和地方标准的实施；承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉和法律法规咨询、解释等工作；负责卫生健康行政审批工作，并限时办结；负责与行政审批局就划转许可事项的政策传达、业务支持、学习培训、组织协调、执法结果反馈等工作进行对接；负责划转许可事项的批后监管；负责本部门事中事后监管的牵头、分派、汇总、分析、考核和评价等工作；负责牵头组织本部门“双随机、一公开”监管制度的实施落实；承担信访、综合治理等工作。
医政医管科（体制改革科）。监督实施国家和省医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策规范、标准；组织实施医疗技术、医疗质量、医疗服务等地方性规范、标准；承担推进护理、康复事业发展工作；指导和管理医院药事、临床重点专科建设、临床实验室、医疗急救体系建设、医院感染管理等有关工作；负责开展和督导全区医疗机构评审评价；负责征兵、招生体检工作；会同有关部门做好医患纠纷调处、惠民医疗、残疾人康复、平安医院建设、对口支援等工作；承担区深化医改工作领导小组和区公立医院管理委员会办公室的日常工作；组织推动公立医院综合改革，推进管办分离，健全现代医院管理制度；拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核办法并组织实施；拟订卫生健康科技发展规划及相关政策；组织、指导卫生健康科技创新与成果转移转化体系建设；组织实施卫生健康科研项目、新技术评估管理和适宜技术推广；承担与人体健康相关的实验室生物安全监督工作；组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续医学教育工作，协同指导院校医学教育；贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度，执行国家基本药物目录；组织开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品监测预警，拟订短缺药品供应保障政策并协调实施；健全药师继续教育制度，指导医疗机构药学服务工作；提出药品价格政策和基本药物目录内药品生产鼓励扶持政策的建议；承担重要会议与重大活动的医疗保健工作；推进全科医生队伍建设；组织实施医用装备采购；牵头机关健康扶贫工作。
基层卫生健康科（卫生应急办公室）。拟订基层卫生健康政策、规范并组织实施；负责全区基层卫生健康服务体系建设和基层医疗卫生机构能力评价工作；指导家庭医生签约服务、基层基本公共卫生服务和乡村医生相关管理工作；拟订全区重大疾病防治规划、免疫规划、严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善疾病预防控制体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担全区法定报告传染病疫情信息收集上报工作；协助开展食品安全地方标准的拟订和食品安全企业标准备案工作，开展食品安全风险监测、评估和交流；承担突发公共卫生事件的预防控制和紧急医学救援工作；组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作；负责卫生应急体系和能力建设；承担全区突发公共卫生事件应急处置信息收集上报工作；承担重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作；承担区血吸虫病地方病防治领导小组办公室、区艾滋病与结核病防治工作委员会办公室的日常工作。
健康促进科（区爱国卫生运动委员会办公室）。负责拟订健康海门建设职责分工方案、年度计划和相关制度并协调组织实施；组织对全区各区镇、各部门推进健康海门建设工作的指导与督查、考核和评估，开展重大问题调研；组织开展卫生城镇、健康城镇的创建和考核评价工作；负责农村改厕、病媒生物防制和农村饮用水水质监测工作；承担健康海门建设领导小组办公室、区爱国卫生运动委员会办公室的日常工作；组织开展卫生健康宣传、健康教育等活动；承担卫生健康科学普及等工作；拟订全区职业卫生、放射卫生相关政策并组织实施；开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作；承担职业病防治工作。
人口监测与家庭发展科（妇幼健康科）。承担全区人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议；落实生育政策；建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度；拟订全区妇幼卫生健康政策、标准和规范并组织实施；推进妇幼健康服务体系建设；指导妇幼卫生、母婴健康安全保障、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展和生育技术服务工作；规范人类辅助生殖技术和避孕药具管理。
区老龄工作委员会办公室。区老龄工作委员会办公室为市老龄工作委员会常设办事机构，负责拟订全区老龄工作相关政策并协助组织实施，督促、检查区老龄工作委员会决定事项的落实情况；指导协调老龄宣传工作；负责联系、协调区老龄工作委员会各成员单位；组织拟订并协调落实推进健康老龄化的政策措施；组织拟订全区医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系；承担老年疾病防治、老年人医疗照护、老年人心理健康与关怀服务等老年健康工作；拟订中医药事业中长期发展规划、计划并组织实施；指导并监督中医医疗机构及其医务人员、医疗质量、医疗服务等管理政策规范、标准实施；指导综合医院、妇幼保健机构、专科医院以及基层医疗卫生机构中的中医药工作；拟订中医药人才发展规划，负责中医药师承教育工作；负责中医药和中西医结合工作的管理。
机关党总支。负责机关及所属事业单位的组织建设、党风廉政建设、督查、内部检查、工会、共青团、妇联、统战、关工委等党群工作；承担卫生健康行业党建工作。
安全生产监管科。牵头拟订本部门、本行业落实安全生产责任制和相关法律法规的工作规划；指导本部门、本行业安全生产综合监管工作；组织开展本部门、本行业安全检查和专项检查；参与各类安全生产事故调查工作；综合协调本部门、本行业安全生产工作等。
老干部科。离退休干部工作。
审计科。具体负责内部审计工作。