区投资服务中心设4个内设机构：
（一）办公室
负责综合性文件、报告的草拟工作；负责中心机关党务、政务、宣传、平安法治、信访、信息公开、保密等工作；协助中心领导管理日常事务；负责公文处理、印章、档案管理等工作；负责建设维护好“门户网站”、微信公众平台等；负责与各大现代网络传媒联系，大力宣传我区的投资发展优势，拓展合作平台与空间，拓宽项目信息获取渠道；负责各种会议的组织和会议决定事项的督办；负责本单位财务、资产管理、后勤等行政事务工作。
（二）招商协调科
负责协调有关政策、措施的兑现落实，积极争取招商引资项目扶持资金；负责做好全区专职招商人员的培训计划安排和组织实施；负责与各类机构和平台的沟通联系，建立良好的合作关系，创新培训方式，拓展培训领域；负责面向国内外的招商引资活动的策划、组织和实施，包括境内外招商活动，各类专题招商洽谈活动，招商考察活动的接待安排，与招商相关的会务准备等；负责与工商联、外侨办、台办、各类商会、行业协会等部门机构的沟通联系，及时捕捉和传达相关展会、活动的信息，并积极组织招商人员参加或开展相关专题推介等。
（三）项目信息科
负责建立招商项目信息库，并及时更新，完善有效项目信息和重大项目信息“一项一档”；按要求上报南通市项目进展报告、重大项目信息、领导招商情况、招商工作总结等；及时汇报重大项目信息，动态跟踪重点项目，研判项目的可行性，定期维护梳理项目信息，打通重大项目信息有效获取、快速传递、领导第一时间拍板决策的快捷通道；负责招商引资例会、点评会、区开放型经济工作例会、区领导调研会议等各类会议所需的与项目有关的汇报材料，汇总整理相关重大项目、重点项目信息及跟踪推进情况，对项目推进中遇到的难题进行梳理，并提出破解瓶颈的策略。
（四）考核督查科
负责对各驻外招商局、产业招商局及专职招商人员的管理、考核和督查工作。结合“考勤系统”，及时掌握招商人员驻点动态；通过电话联系、网络搜索、登门拜访、项目档案查阅、项目会审记录等多种途径，核查项目真实性；对驻点招商、活动培训等常规性工作每月形成督查通报，对专题招商活动等阶段性或即时性工作开展情况形成专项督查报告，相关督查情况根据督查内容，按照相关程序分别报中心主要负责人、市分管领导、市主要领导阅示，并在一定范围内通报；负责全区招商引资年度目标任务分解和对各驻外招商局、产业招商局的考核认定工作。